Die 42,195 Kilometer lange Laufstrecke (entspricht genau der Marathonlauf-Distanz) verläuft zunächst Richtung Süden nach Keauhou zu einem ersten Wendepunkt, dann wieder zurück durch Kona Richtung Norden auf den Queen Ka’ahumanu Highway (auf dem auch die Radstrecke verläuft) zum zweiten Wendepunkt, dem sogenannten Energy Lab und dann wieder zurück Richtung Süden. Das Ziel befindet sich auf dem Alii Drive in Kona.
Zu Beginn des Marathons muss ein Stück der steilen Palani Road bezwungen werden. Dann geht es auf dem Alii Drive nach Süden bis zum ersten Wendepunkt an der kleinen Kapelle nahe beim Keauhou Beach. Wieder zurück im Stadtzentrum geht es die Palani Road steil bergauf bis zum Queen K. Highway. Die breite, nicht enden wollende Straße führt die Athleten bis zur Kreuzung des Natural Energy Labs. Die rund zwei Kilometer bis zum Wendepunkt sind für die meisten Triathleten der psychologische Knackpunkt. Im Lab, direkt unten am Meer, scheint die heiße Luft zu stehen, und die weiter vorn laufenden Konkurrenten verschwimmen in der flimmernden heißen Luft über dem Asphalt. Aus dem Energy Lab wieder heraus, gilt nur noch eins: Augen zu und durch, bis in der Stadt am Pier, die Glücksgefühle alle erlittenen Qualen vergessen machen.
Alle Athleten müssen bis spätestens Mitternacht den Marathon beendet haben und somit bleiben insgesamt 17 Stunden, um die Ziellinie zu überqueren
